Kabupaten Bone Bolango terdiri atas 18 kecamatan, yaitu:

  1. Bone
  2. Boneraya,
  3. Bonepantai,
  4. Botupingge,
  5. Bulango Selatan,
  6. Bulango Timur,
  7. Bulango Ulu,
  8. Bulango Utara,
  9. Bulawa,
  10. Kabila,
  11. Kabilabone,
  12. Suwawa,
  13. Suwawa Selatan,
  14. Suwawa Tengah,
  15. Suwawa Timur,
  16. Tapa,
  17. Tilongkabila, dan
  18. Pinogu.

Di samping itu, Kabupaten Bone Bolango terdiri atas 5 kelurahan dan 160 desa dengan jumlah penduduk 159.581 jiwa (berdasarkan DAK2 Tahun 2012 ). Luas wilayahnya adalah 1.984,31 km, sehingga daerah ini memiliki tingkat kepadatan penduduk sekitar 80,42 jiwa/km2.
Ada pun daftar lengkap kecamatan dan desa/ kelurahan yang ada di kabupaten Bone Bolango hingga September 2010 adalah sebagai berikut.

  1. Bone, terdiri atas 13 desa, yaitu: (1) Bilolantunga; (2) Cendana Putih; (3) Ilohuuwa; (4) Inogaluma; (5) Masiaga; (6) Molamahu; (7) Monano; (8) Moodulio; (9) Muara Bone; (10) Sogitia; (11) Taludaa; (12) Tumbuh Mekar; dan (13) Waluhu.
  2. Bonepantai, terdiri atas 14 desa, yaitu: (1) Batu Hijau; (2) Bilungala; (3) Bilungala Utara; (4) Kamiri; (5) Lembah Hijau; (7) Ombulo Hijau; (8) Pelita Hijau; (9) Tamboo; (10) Tihu; (11) Tolotio; (12) Tongo; (13) Tunas Jaya; dan (14) Uabanga.
  3. Boneraya, terdiri atas 8 desa, yaitu: (1) Alo; (2) Inomata; (3) Laut Biru; (4) Moopiya; (5) Mootayu; (6) Mootinelo; (7) Pelita Jaya; dan (8) Tombulilato.
  4. Botupingge, terdiri atas 7 desa, yaitu: (1) Luwohu; (2) Panggulo; (3) Panggulo Barat; (4) Tanah Putih; (5) Timbuolo; (6) Timbuolo Tengah; dan (7) Timbuolo Timu.
  5. Bulango Selatan, terdiri atas 10 desa, yaitu: (1) Ayula Selatan; (2) Ayula Tilango; (3) Ayula Timur; (4) Ayula Utara; (5) Huntu Selatan; (6) Huntu Utara; (7) Lamahu; (8) Mekar Jaya; (9) Sejahtera; dan (10) Tinelo Ayula.
  6. Bulango Timur: , terdiri atas 5 desa, yaitu: (1) Bulotalangi; (2) Bulotalangi Barat; (3) Bulotalangi Timur; (4) Popodu; dan (5) Toluwaya.
  7. Bulango Ulu, terdiri atas 7 desa, yaitu: (1) Ilomata; (2) Mongiilo; (3) Mongilo Utara; (4) Owata; (5) Pilolaheya; (6) Suka Makmur; dan (7) UPT Owata.
  8. Bulango Utara, terdiri atas 9 desa, yaitu: (1) (1) Bandungan; (2) Boidu; (3) Bunuo; (4) Kopi; (5) Lomaya; (6) Longalo; (7) Suka Damai; (8) Tuloa; dan (9) Tupa.
  9. Bulawa, terdiri atas 9 desa, yaitu: (1) Bukit Hijau; (2) Bunga Hijau; (3) Kaidundu; (4) Kaidundu Barat; (5) Mamungaa; (6) Mamungaa Timur; (7) Mopuya; (8) Nyiur Hijau; dan (9) Patoa.
  10. Kabila, terdiri atas 8 desa dan 4 kelurahan, yaitu: (1) Dutohe; (2) Dutohe Barat; (3) Oluhuta [Kelurahan]; (4) Oluhuta Utara; (5) Padengo [Kelurahan]; (6) Pauwo [Kelurahan]; (7) Poowo; (8) Poowo Barat; (9) Talango; (10) Tanggilingo; (11) Toto Selatan; dan (12) Tumbihe [Kelurahan].
  11. Kabilabone, terdiri atas 9 desa, yaitu: (1) Biluango; (2) Bintalahe; (3) Botubarani; (4) Botutonuo; (5) Huangobotu; (6) Modelomo; (7) Molotabu; (8) Olele; dan (9) Oluhuta.
  12. Suwawa, terdiri atas 10 desa, yaitu: (1) Boludawa; (2) Bube; (3) Bube Baru; (4) Bubeya; (5) Helumo; (6) Huluduotamo; (7) Tinelo; (8) Tingkohubu; (9) Tingkohubu Timur; dan (10) Ulanta.
  13. Suwawa Selatan, terdiri atas 8 desa, yaitu: (1) Bonda Raya; (2) Bondawuna; (3) Bonedaa; (4) Bulontala; (5) Bulontala Timur; (6) Libungo; (7) Molintogupo; dan (8) Pancuran.
  14. Suwawa Tengah, terdiri atas 6 desa, yaitu: (1) Alale; (2) Duano; (3) Lombongo; (4) Lompotoo; (5) Tapadaa; dan (6) Tolomato.
  15. Suwawa Timur, terdiri atas 11 desa, yaitu: (1) Bangio; (2) Dataran Hijau; (3) Dumbayabulan; (4) Panggulo; (5) Pinogu; (6) Pinogu Permai; (7) Poduoma; (8) Tilangobula; (9) Tulabolo; (10) Tulabolo Barat; dan (11) Tulabolo Timur.
  16. Tapa, terdiri atas 7 desa, yaitu: (1) Dunggala; (2) Kramat; (3) Langge; (4) Meranti; (5) Talulobutu; (6) Talulobutu Selatan; dan (7) Talumopatu.
  17. Tilongkabila, terdiri atas 12 desa, yaitu: (1) Bongoime; (2) Bongopini; (3) Butu; (4) Iloheluma; (5) Lonuo; (6) Motilango; (7) Moutong; (8) Permata; (9) Tamboo; (10) Toto Utara; (11) Tunggulo; dan (12) Tunggulo Selatan.
  18. Pinogu,terdiri dari 5 desa, yaitu (1) Pinogu; (2) Bangio, (3) Pinogu Permai, (4) Dataran Hijau, (5) Tilonggibila